Waytha Moorthy Ponnusamy dilahirkan pada 16 Julai 1966 kepada Ponnusamy Arunasalam yang merupakan penghijrah generasi pertama ke Malaysia. Waytha Moorthy pernah menyebut dalam kenyataannya bahawa ibu bapanya telah menjual rumah mereka untuk membiayai pengajiannya di United Kingdom. Waytha Moorthy Ponnusamy juga menyatakan bahawa dia telah dinafikan kemasukan ke sebuah universiti tempatan walaupun mencapai semua keperluan, semata-mata kerana dia seorang India.